在淘汰赛阶段，拜仁慕尼黑的表现开始变得出色起来在16强赛中，他们以71的比分大胜巴塞罗那，这也是巴塞罗那历史上最惨痛的一次欧冠失利在8强赛中，拜仁慕尼黑又以40的比分轻松击败了马赛而在半决赛中，他们又以31的比分淘汰了皇马这一系列的胜利，让拜仁慕尼黑在决赛前信心倍增决赛失利 然。

拜仁慕尼黑曾经5次获得欧冠亚军，这5次的亚军经历或悲情，或迷失，或运气不佳，或实力不济其中1999年欧冠决赛补时阶段遭遇曼联连入两球尤其具有戏剧性这场经典的比赛载入史册，成为了拜仁慕尼黑球迷们心中的痛德国足坛名宿马特乌斯在自己的442专栏中回忆了这场跌宕起伏的比赛，回忆了这次并不愉快的经历马特乌斯用。

因为拜仁在上赛季欧冠半决赛中曾以0比5的总比分惨败于皇家马德里欧冠皇马总分50拜仁进决赛 C罗16球创纪录 腾讯体育讯 北京时间4月30日凌晨，201314赛季欧冠联赛半决赛次回合，皇家马德里做客安联球场4比0击败拜仁慕尼黑，总比分5比0淘汰对手，时隔12年之后再度杀入决赛拉莫斯头球梅开二度C罗。